Een aantal meer “begoede” ouders had al vaker te kennen gegeven dat zij graag een “betalende” afdeling zouden zien, zodat zij hun kinderen niet meer helemaal naar de stad hoefden te zenden.

In oktober 1907 was het zover: de betalende school werd geopend met twee lagere klassen en een bewaarklas, in totaal zo’n 130 leerlingen. De ouders dienden per trimester 10 frank te betalen voor de grote leerlingen en 7,5 frank voor de kleintjes. Het “warmgeld” en het geld voor het “gerief” kwam daar nog bovenop.

Deze betalende afdeling werd aanvankelijk mee gehuisvest in de gebouwen van de Onze-Lieve-Vrouweschool die daardoor al snel te klein werd. In 1919 kochten de zusters daarom het “Syringahof”, het voormalige woonhuis van burgemeester dokter Coen, gelegen op de hoek van de Oudestraat en de Pastorijstraat (nu Dr. Coenstraat). Op 26 april 1920 namen de ondertussen vier betalende klassen van de Onze-Lieve-Vrouweschool er hun intrek.

Bij de aanvang van het schooljaar 1921-1922 verlieten de zusters-onderwijzeressen van de betalende school het klooster van de Onze-Lieve-Vrouweschool en vestigden zich in de nieuwe stichting, die in de jaren ’30 “Externaat Sint-Agnes/Externat Sainte-Agnes” zou worden genoemd.

In 1939 –bij het eeuwfeest van de school- omvat het Externaat Sint-Agnes met 250 leerlingen volledig lager en middelbaar onderwijs met zowel een handelsafdeling als een afdeling “snit en naad” (de voorloper van de huidige afdeling “kleding-verkoop”).

Het Externaat Sint-Agnes had weldra behoefte aan uitbreiding. In de jaren 1920 en 1930 werd de vleugel in de Dr.Coenstraat neergezet; dit is met name het gedeelte waarin nu het secretariaat en de leraarskamer van de Middenschool zijn gevestigd.